清洁生产审核包括前期合同评审及签订、清洁生产实施、评估验收三个阶段。
山东科苑环境认证中心与企业签订合同后，山东科苑环境认证中心根据该项目特点选派清洁生产审核师和技术专家到现场进行清洁生产审核方法的培训，帮助企业成立清洁生产审核小组，制定清洁生产审核计划，根据各阶段的工作安排开展工作。
第一阶段：筹划与组织
工作重点是组织宣传培训、提高全员清洁生产意识，取得最高管理层的支持与参与，组建清洁生产审核小组、制定清洁生产工作计划。
第二阶段：预评估
工作重点是对企业概况、生产状况、环保状况、管理状况、员工素质、产污排污状况及与国内外同类企业产污排污比较、产污原因等情况进行调查评价，确定审核重点，制定清洁生产目标，提出并实施无低费方案。
第三阶段：评估
工作重点是由审核重点单位负责确定物料输入输出方式，建立物料平衡图；对排污状况分析研究，找出原因；继续提出并实施无费/低费方案。
第四阶段：方案的产生和筛选
工作重点是研究制定备选方案，对方案进行分类，确定筛选方案，并继续实施无/低费方案。编写中期审核报告。
第五阶段：方案可行性分析
工作重点是对筛选出的方案进行技术、环境及经济与社会效益的综合分析，向审核组推荐可实施方案。
第六阶段：方案实施
工作重点是组织实施推荐方案，并对方案实施成果进行评价。
第七阶段：持续清洁生产
工作重点是进一步建立和完善清洁生产组织、相关支持性文件、制度、记录等，制定持续改进意见和规划，实现持续清洁生产。
山东科苑环境认证中心清洁生产审核师和技术专家根据不同阶段的需要及时到现场对贵单位的清洁生产审核工作小组进行指导，共同完成清洁生产终期审核报告。报告完成后向当地环保局提出评估申请，省环保局组织清洁生产审核专家进行评估验收。验收通过后省环保局发放山东省清洁生产审核绩效证书。
清洁生产审核流程详见清洁生产审核流程框图。
